その後10年を経て、慶長14年（1609）8月に東京の本願寺別院（現：浅草東本願寺）が、今の淡路町辺りから神田明神下へ移築されるとき、その公務役を務めていた受慶寺安養坊了善という人に招かれて、江戸へ出府された。その時、他に4ヶ寺も一緒に出府されている。これを5ヶ寺衆と称した。

　出府された了賢法師は、佐々木法善坊蓮願という高僧の遺跡を再興するということで、佐々木姓を名乗り、寺号は寛慶山常福寺と称した。

　ところが、その後24年経った寛永10年（1633）1月9日に了賢法師は亡くなった（行年約70歳）。やはり三河の上宮寺にあって、勉学中であった了賢法師の嫡子浄賢法師は、父の入寂を聞いて直ちに江戸へ出府するつもりであったが、自分の先生である阿伯野村式部少輔高継の三回忌の法要を勤めるために出府が遅れ、約3ヶ月後の三月下旬に常福寺に着いてみると、その寺は父の弟子法西という人が横領しようとして、浄賢法師の入寺を拒んだ。

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　そこで致し方なくご本山へ申し出をして、そのご裁量を願った結果、常福寺はお引上げということになり、横領しようとした法西もやむを得ず、別に一寺を建てた。その年の四月、浄賢法師には「法善寺」という寺号が仰せつけられ、ここに当寺が創立されたのである。おそらく前述の佐々木法善坊蓮願の名から取ったものと思われる。従って、御本尊はじめ当時より伝わる什物等の御裏（裏書き）は全て「上宮寺下（寺）常福寺門徒、武州豊鴫郡江戸神田法善寺什物」となっている。

　さて、その後明暦3年（1657）の大火（ふりそで火事）にて、本願寺別院と共に類焼を受け、神田より今の浅草の本願寺寺内へ移動することとなった。その後明和9年（1772）に一度火災に遭い、その30余年後の文化3年（1806）に3度目の火災を受けている。この時、いわゆる疎開という意味で、本願寺別院の約半数の寺が諸所へ移転することとなるが、当寺は今の地へ文化9年（1812）に添地（土地を添えるという意味）を拝領して移転した。昔は一度火災が起こると、防火設備なども貧弱なためか、広い範囲にわたって類焼した模様である。

　時代は下り、江戸時代の末期から明治の初期の間、短期間のうちに住職が3人亡くなっている。すなわち、元治元年（1864）に十二世賢寿が、慶応3年（1867）には十三世賢誠が、明治15年（1882）には十四世照賢が相次いで亡くなり、その後は無住のような状態になり、隣寺の真覚寺の住職を隠居された照方という人が当寺の十五世住職を継いでいる。そこへ養子に来られたのが、品川正徳寺の次男理賢で、その坊守里勢は向かいの寺、浄林寺の長女であった。

　事実上、すっかり廃退した当寺を中興されたのは、十六世理賢とその坊守里勢であった。

　大正12年（1923）には当山としては4度目の火災である関東大震災に類焼し、その後の復興にも並々ならないものがあったことは察するに余りある。昭和8年（1933）震災後の復興が成り、漸く寺院本来の活躍をなし始めた3年後の昭和11年（1936）5月5日、十六世理賢は念仏の声絶ゆると共に、大往生の素懐をとげられた。